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顧名思義，厭氧菌是由厭氧菌的存在引起的。由于厭氧菌作用的先決條件是沒有氧氣，因此存在的氧氣會抑制厭氧菌作用。好氧氣喜歡氧氣，當然含氧量越高越好。需氧細菌只能在充足的氧氣環境中活動。
通過控制厭氧和缺氧段的停留時間、PH值、溫度等控制微生物處理有機污染物的能力，可以提高厭氧和缺氧段的處理效果。例如，當進水PH異常時，應盡量調節小，可以調節酸堿或水量。
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